PREMATÜR YAŞLANMAYLA İLİŞKİLİ RCE1 GENİNDE MEYDANA GELEN YÜKSEK-RİSKLİ, YANLIŞ ANLAMLI TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİNİN TESPİTİ İLE YAPISAL TESİRLERİ

Özet

Amaç: Bu çalışmanın amacı, RCE1 geninde meydana gelen yüksek-riskli, yanlış anlamlı SNPlerin belirlenmesi ve aminoasit değişiminin RCE1 protein ürünü üzerindeki yapısal tesirlerinin tahmin edilmesidir. Yöntem: RCE1 geninde meydana gelen yanlış anlamlı mutasyonlar, NCBI SNP veritabanında taranmıştır. Yanlış anlamlı olarak kategorilendirilmiş 329 SNP’nin patojeniteleri; SIFT, PROVEAN ve PANTHER cSNP çevrimiçi araçlarındaki algoritmalar ile hesaplanmıştır. “Zararlı” ve “muhtemelen zararlı” olarak belirlenmiş olan üç SNP, RCE1 proteini üzerindeki yapısal tesirlerinin tahmini amacıyla I-Mutant ve HOPE ile değerlendirilmiştir. Bulgular: SIFT, PROVEAN ve PANTHER cSNP ile belirlenmiş olan üç yüksek-riskli yanlış anlamlı SNP (rs201456801, UniProt protein id’leri: Q9Y256, E9PI08 ve E9PKA7), I-Mutant yazılımı sonuçlarına göre protein stabilitesini arttırmaktadır. HOPE veritabanına göre üç SNPnin de yol açtığı aminoasit rezidü değişimleri, vahşi tip rezidülere göre daha hidrofobik ve daha büyüktür. Sadece Q9Y256’da vahşi tip rezidü korunmuşluk göstermektedir. T303M ve T180M değişimlerinin proteine zarar vermeme olasılığı mevcuttur. Sonuç: SIFT, PROVEAN ve PANTHER cSNP çevrimiçi araçlarına göre RCE1 geninde yüksek-riskli olması beklenen üç SNPden ikisinin; I-Mutant ve HOPE’a göre proteine zarar vermeme olasılığı bulunmaktadır. Araştırmanın ileride in silicodan in in vivoya genişletilmesi ve “tahmin” seviyesinden “kesin” sonuçlara erişilmesi hususunda bu çalışmanın iyi bir başlangıç olabileceği düşünülebilir.