Mycobacterium Tuberculosis Kompleks Suşlarında İlaç Direncinin Real-Time PCR İle Hızlı Tespiti İçin Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Kitinin Değerlendirilmesi
Özet Görüntüleme: 205
/ 
PDF İndirme: 57
DOI:
https://doi.org/10.5281/zenodo.10049082Anahtar Kelimeler:
Agar proporsiyon duyarlılık yöntemi, Çoklu İlaç Direnci (ÇİD), M. tuberculosis kompleks (MTBK), Real-Time PCR, Yaygın İlaç Direnci (YİD)Özet
Amaç: Çoklu ilaç dirençli (ÇİD) Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTBK) suşlarının, ikinci seçenek anti-tüberküloz (anti-TB) ilaçlara direnç geliştirmesiyle yaygın ilaç dirençli (YİD) suşların ortaya çıkışı en önemli insan sağlığı tehditlerinden birini oluşturmaktadır. Bu sebeple çalışmamızda, doğrudan klinik örnekler üzerinde uygulanabilen ve eş zamanlı olarak MTBK ve mutasyonları belirleyen multipleks gerçek zamanlı PCR testinin ÇİD ve YİD suşlarının hızlı tanısındaki performansının araştırılması amaçlandı.
Gereç ve Yöntem: Çalışmaya iki grup dahil edildi: ardışık 44 MDR-MTBC izolatı ve fenotipik olarak birinci seçenek anti-TB ilaçlardan en az birine dirençli MTBK tanısı koyulan ardışık 50 ARB pozitif balgam örneği. Fenotipik olarak, MTBK'nin tanımlanmasını takiben birinci ve ikinci seçenek anti-TB ilaçları için izolatların ilaç duyarlılık testi (DST) sırasıyla BACTEC MGIT 960 sistemi ve Löwenstein-Jensen agar proporsiyon (LJ-AP) yöntemi kullanılarak gerçekleştirildi. Genotipik olarak ise, multipleks Real-Time PCR yöntemi ile bir Anyplex™ II MTB/MDR/XDR Detection kit (Seegene) kullanarak bütün örneklerde aynı anda hem MTBK varlığı, hem de ÇİD ve YİD yönünden direnç durumu araştırıldı.
Bulgular: Fenotipik ve genotipik incelemelerin sonuçlarının çok uyumlu olduğu, ÇİD tespitinde fenotipik yöntemlere göre real-time PCR yönteminin duyarlılığının %80, özgüllüğünün de % 100 olduğu görüldü. Hem fenotipik hem de genotipk yöntemle 44 ÇİD-MTBK izolatından ikisi (%4.5) ön-YİD-MTBK olarak tanımlandı. Bu iki ön-YİD suştan birinin ARB(-) olması dikkat çekiciydi. Ayrıca, ÇİD-MTBK izolatlarından 18’i (%40.9)’i ARB(-) idi.
Sonuç: Sonuç olarak, Anyplex™ II MTB/MDR/XDR tespit kitini kullanan multipleks real-time PCR testinin, rutin olarak kullanılan zaman alıcı fenotipik yöntemlere kıyasla birkaç saat içinde MTBC, MDR ve XDR'nin tespiti için kullanışlı ve güvenilir bir yöntem olduğu kanaatine varıldı. Ancak, ÇİD- ve YİD-MTBK suşları ARB(+) örneklerinden olduğu kadar ARB(-) örneklerinden de izole edilebilir ve tüm klinik örneklerin Multiplex Real-time PCR testi kullanılarak araştırılması çok maliyetlidir. Dolayısıyla MTBK identifikasyonunun uygun maliyetli PCR bazlı özgül bir yöntem kullanılarak yapılmasının ardından MTBK pozitif örneklerde, çalışmamızda kullanılan multipleks real-time PCR tespit kiti ile MTBK doğrulanması ve ilaç direncinin saptanması daha uygun olacaktır.
Referanslar
Alagna, R., Cabibbe, A. M., Miotto, P., Saluzzo, F., Köser, C. U., Niemann, S.,…Cirillo, D. M. (2021). Is the new WHO definition of extensively drug-resistant tuberculosis easy to apply in practice? Eur Respir J, 58, 2100959. https://doi.org/10.1183/13993003.00959-2021
Alp, A., Sarıbaş, Z. (2019). Klinik örneklerden Mycobacterium tuberculosis saptanmasında Anyplex Mtb/Ntm testinin değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul, 53(4), 355-363.
Aslan, G., Direkel, Ş., Otağ, F., Akdenizli, E., Emekdaş, G. (2006). Mersin Bölgesinde İzole Edilen Mycobacterium tuberculosis Suşlarında Amikasin ve Siprofloksasin Duyarlılığı. ANKEM Derg, 20(3), 164-168
Börekçi, G., Aslan, G., Aydın, E., Fiandaca, M. J., Stender, H., Lee N.M.,…Emekdaş G. (2014). BACTEC MGITTM Pozitif Kültürlerden Mycobacterium Türlerinin Oligo-FISH ve PNA-FISH Yöntemleriyle Tanımlanması. Mikrobiyol Bul, 48(3), 385-401.
Causse, M., Ruiz, P., Gutierrez, J. B., Vaquero, M., Casal M. (2015). New AnyplexTM II MTB/MDR/XDR kit for detection of resistance mutations in M. tuberculosis cultures. Int J Tuberc Lung Dis, 19(12), 1542-1546. https://doi.org/10.5588/ijtld.15.0235
Ceyhan, I., Simsek, H., Arslanturk, A., Albayrak, N., Sezen, F., Tarhan, G. (2014). Extensively Drug-resistant Tuberculosis Strains in National Tuberculosis Reference Laboratory Between 2005 and 2010, Turkey. Clin Microbial, 3(1). DOI: 10.4172/2327-5073.1000136.
Cox, H. S., Niemann, S., Ismailov, G., Doshetov, D., Orozco, J. D., Blok, L.,…Kebede, Y. (2007). Risk of acquired drug resistance during short-course directly observed treatment of tuberculosis in an area with high levels of drug resistance. Clin Infect Dis, 44(11), 1421-1427.
Çetin, E. S., Aynali, A., Öztürk, T., Özseven, A. G., Kaya, S. (2012). Mikobakterilerin klinik ömeklerden izolasyonunda Löwenstein-Jensen besiyeri kültürü ve Bactec Mycobacterium Growth Indicator Tube 960 sisteminin değerlendirilmesi. S.D.Ü. Tıp Fak Derg, 19(1), 12-16.
Drobniewski, F., Rüsch-Gerdes, S., Hoffner, S. (2007). Antimicrobial susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis (EUCAST document E.DEF 8.1) Report of the Subcommittee on Antimicrobial Susceptibility Testing of Mycobacterium tuberculosis of the European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ESCMID). Clin Microbiol Infect, 13(12), 1144–1156.
Folkvardsen, D. B., Svensson, E., Thomsen, V., Rasmussen, E. M., Bang, D., Werngren, J.,...Rigouts, L. (2013). Can Molecular Methods Detect 1% Isoniazid Resistance in Mycobacterium tuberculosis? J Clin Microbiol, 51(5), 1596-1599.
Farmer, P. and Kim, J, Y. (1998). Community based approaches to the control of multidrug resistant tuberculosis: Introducing DOTS-plus. Brit Med J, 1998; 317(7159), 671–674.
Georghiou, S. B., Magana, M., Garfein, R. S., Catanzaro, D. G., Catanzaro, A., Rodwell, T. C. (2012). Evaluation of Genetic Mutations Associated with Mycobacterium tuberculosis Resistance to Amikacin, Kanamycin and Capreomycin: A Systematic Review. PLoS ONE, 7(3), e33275. DOI: 10.1371/journal.pone.0033275
Gikalo, M. B., Nosova, E. Y., Krylova, L.Y., Moroz, A. M. (2012). The role of eis mutations in the development of kanamycin resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates from the Moscow region. J Antimicrob Chemother, 67, 2107–2109.
H. Helal, Z., G. El Menofy, N., Abdul-Khalek Ibrahim, Z., Seif El-din Ashour, M., K. Abdulal, A. (2019). Comparatıve Evaluatıon of Anyplex II MTB/MDR/XDR and Resazurin Microtiter Assay For Detection of Drug Resistant Mycobacterium Tuberculosis. J Microbiol Biotech Food Sci, 8(5), 1150-1155. https://doi.org/10.15414/jmbfs.2019.8.5.1150-1155
Igarashi, Y., Chikamatsu, K., Aono, A., Yi, L., Yamada, H., Takaki, A., Mitarai, S. (2017). Laboratory evaluation of the Anyplex™ II MTB/MDR and MTB/XDR tests based on multiplex real-time PCR and melting-temperature analysis to identify Mycobacterium tuberculosis and drug resistance. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 89(4), 276-281. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2017.08.016
Katamba, A., Ssengooba, W., Sserubiri, J., Semugenze, D., Kasule, G. W., Nyombi, A.,…Joloba, M. L. (2023). Evaluation of Xpert MTB/XDR test for susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis to first and second-line drugs in Uganda. PLoS ONE, 18(8), e0284545. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0284545
Lange, C., Abubakar, I., Alffenaar, J. W. C., Bothamley, G., Caminero, J. A., Carvalho, A. C. C.,...Cirillo, D. M. (2014). Management of patients with multidrugresistant/extensively drug-resistant tuberculosis in Europe: a TBNET consensus statement. Eur Respir J, 44(1), 23–63
Laurenzo, D., Mousa, S. A. (2011). Mechanisms of drug resistance in Mycobacterium tuberculosis and current status of rapid molecular diagnostic testing. Acta Tropica, 119, 5–10.
Migliori, G. B., Zellweger, J. P., Abubakar, I., Ibraim, E., Caminero, J. A., De Vries, G.,…Manissero, D. (2012). European Union standards for tuberculosis care. Eur Respir J, 39(4), 807–819.
Pillay, S., Steingart, K. R., Davies, G. R., Chaplin, M., De Vos, M., Schumacher, S. G.,…Theron, G. (2022). Xpert MTB/XDR for detection of pulmonary tuberculosis and resistance to isoniazid, fluoroquinolones, ethionamide, and amikacin. Cochrane Database of Systematic Reviews, (5). https://doi.org/10.1002/14651858.CD014841.pub2
Rodrigues, L., Villellas, C., Bailo, R., Viveiros, M., Aínsa, J. A. (2013). Role of the Mmr Efflux Pump in Drug Resistance in Mycobacterium tuberculosis. Antimicrob Agents Chemother, 57(2), 751-757.
Satana, D., Coban, A. Y., Uzun, M. (2010) Testing Susceptibility of Multidrug-Resistant Mycobacterium tuberculosis to Second-Line Drugs by Use of Blood Agar. Journal Of Clinical Microbiology, 48(11), 4291–4293.
Stop TB Partnership and World Heath Organization. (2006). The Global Plan to Stop TB 2006–2015. Geneva, World Health Organization.
Tekin, K., Albay, A., Simsek, H., Sig, A. K., Guney, M. (2017). Evaluation of the BACTEC MGIT 960 SL DST Kit and the GenoType MTBDRsl Test for Detecting Extensively Drugresistant Tuberculosis Cases, Eurasian J Med, 49, 183-187.
World Health Organization (2022). Global tuberculosis report 2022. Geneva, Switzerland, World Health Organization. Licence: CC BY-NC-SA 3.0 IGO. 20 Temmuz 2023 tarihinde https://www.who.int/publications/i/item/9789240061729 adresinden erişildi.
İndir
Yayınlanmış
Nasıl Atıf Yapılır
Sayı
Bölüm
Lisans
Telif Hakkı (c) 2023 GEVHER NESİBE TIP VE SAĞLIK BİLİMLERİ DERGİSİ
Bu çalışma Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License ile lisanslanmıştır.
Dergimizde yayımlanan makaleler, 